Professeur
Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
Courriel:
Démonstrateur
À annoncer.
Horaire
| Activité | Jour | Heure | Local |
|---|---|---|---|
| th | mercredi | 11:30-13:30 | AA 1207 |
| th | vendredi | 14:30-15:30 | AA 1177 |
| tp | vendredi | 15:30-17:30 | AA 1207 |
| intra | mercredi 18 février | 11:30-13:30 | N-515, Pavillon Roger-Gaudry |
| final | mercredi 14 avril | 12:30-15:30 | AA 1177 |
Préalables
IFT2010 (Programmation II) et IFT1978 (Probabilités et statistique).
Contenu général et objectifs du cours
Le thème de ce cours sera l'interaction entre la biologie et l'informatique. La biologie de notre age se relie lourdement à de grandes quantités de données sur les séquences, structures, et activités de macromolécules pour mieux comprendre la nature de l'organisme vivant. La particularité et quantité de ces données ont mené à la nécessité de développer une vaste gamme de nouvelles méthodes de calcul : la discipline de bioinformatique est née. L'interaction n'est pas unidirectionnelle non plus : de plusieurs concepts biologiques ont été importés dans l'informatique, comme le calcul moléculaire ou la vie artificielle. Ce cours offrira une introduction aux outils de bioinformatique ainsi qu'une revue de quelques notions biologiques en informatique.
Liste de sujets abordés:
- Séquences: alignement, séquençage, identification de gènes, bases de données de séquences.
- Phylogénies.
- Structure de protéines et de ARNs.
- Expression génétique.
- Calcul moléculaire.
Bibliographie
- Livre principal
- David W. Mount. Bioinformatics : Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. ISBN 0-87969-608-7. Ce livre chez amazon.ca. (Prix UdeM à la Librairie: $149.10.)
- Autres livres de référence
- Alain Bernot: Analyse de Génomes, Transcriptomes, et Protéomes. Dunod 2001.
- Durby, Eddin, Krogh, Michinson: Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press 1998.
- Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences. Cambridge University Press 1997.
Évaluation
TPs: 30% intra: 30% final: 40%
Les deux examens seront à livre fermé: aucune documentation n'est permise. L'examen final portera sur la matière de toute la session. Il y aura 4 travaux pratiques, incluant des devoirs de nature théorique et des travaux de programmation. Si la meillure note des deux examens n'atteint pas le seuil de 40%, le cours est échoué.