Professeur

Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
Courriel: mon courriel

Démonstrateur

À annoncer.

Horaire

Activité Jour Heure Local
thmercredi11:30-13:30AA 1207
thvendredi14:30-15:30AA 1177
tpvendredi15:30-17:30AA 1207
intramercredi 18 février11:30-13:30N-515, Pavillon Roger-Gaudry
finalmercredi 14 avril12:30-15:30AA 1177

Préalables

IFT2010 (Programmation II) et IFT1978 (Probabilités et statistique).

Contenu général et objectifs du cours

Le thème de ce cours sera l'interaction entre la biologie et l'informatique. La biologie de notre age se relie lourdement à de grandes quantités de données sur les séquences, structures, et activités de macromolécules pour mieux comprendre la nature de l'organisme vivant. La particularité et quantité de ces données ont mené à la nécessité de développer une vaste gamme de nouvelles méthodes de calcul : la discipline de bioinformatique est née. L'interaction n'est pas unidirectionnelle non plus : de plusieurs concepts biologiques ont été importés dans l'informatique, comme le calcul moléculaire ou la vie artificielle. Ce cours offrira une introduction aux outils de bioinformatique ainsi qu'une revue de quelques notions biologiques en informatique.

Liste de sujets abordés:

Bibliographie

Livre principal
David W. Mount. Bioinformatics : Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. ISBN 0-87969-608-7. Ce livre chez amazon.ca. (Prix UdeM à la Librairie: $149.10.)
Autres livres de référence
Alain Bernot: Analyse de Génomes, Transcriptomes, et Protéomes. Dunod 2001.
Durby, Eddin, Krogh, Michinson: Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press 1998.
Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences. Cambridge University Press 1997.

Évaluation

TPs: 30% intra: 30% final: 40%

Les deux examens seront à livre fermé: aucune documentation n'est permise. L'examen final portera sur la matière de toute la session. Il y aura 4 travaux pratiques, incluant des devoirs de nature théorique et des travaux de programmation. Si la meillure note des deux examens n'atteint pas le seuil de 40%, le cours est échoué.