Professeur
Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
Courriel:
Horaire
| Activité | Jour | Heure | Local |
|---|---|---|---|
| th | mercredi | 11:30-13:20 | Z-210 |
| th/tp | vendredi | 14:30-16:20 | Z-200 |
| intra | mercredi 23 février | 11:30-13:30 | Z-210 |
| final | mercredi 20 avril | 12:30-15:30 | AA 1207, Pavillon André-Aisenstadt |
Préalables
IFT2010
(Programmation II) et
IFT1978
(Probabilités et statistique).
Aucune connaissance en biologie
n'est nécessaire : de la curiosité et un peu de culture générale
suffisent.
Contenu général et objectifs du cours
Ce cours sert comme introduction à la discipline de bioinformatique. L'approche principale est algorithmique : on examinera des principes algorithmiques applicables à l'étude d'organismes vivants au niveau moléculaire, ainsi que l'implantation d'algorithmes à l'aide de macromolécules.
Liste de sujets abordés:
- Séquences: alignement, bases de données de séquences, identification de gènes, séquençage et analyse de génomes.
- Phylogénies.
- Expression de gènes.
- Calcul moléculaire.
Bibliographie
Il n'y a pas de livre principal. Les notes de cours seront affichées sur le site du cours: http://www.iro.umontreal.ca/~csuros/IFT3290/.Livres de référence
- Neil C. Jones & Pavel A. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004.
- Très bonne introduction aux méthodes algorithmiques en bioinformatique avec très peu de prérequis en informatique. Recommandé pour ceux qui n'ont pas pris IFT2121.
- Warren J. Ewens & Gregory R. Grant. Statistical Methods in Bioinformatics. Springer-Verlag, 2001. (2ème édition en 2005.)
- Texte surtout sur les aspects statistiques de la bioinformatique. Très utile pour la modélisation sensible de problèmes, ce qui est essentielle pour la conception d'algorithmes efficaces.
Évaluation
Présentation: 10% TPs: 30% intra: 30% final: 30%
Chaque étudiant et étudiante devra donner une présentation d'à peu près 20 minutes à la classe sur un sujet choisi. Il y aura 4 travaux pratiques, incluant des devoirs de nature théorique et des travaux de programmation. Si la meillure note des deux examens n'atteint pas le seuil de 40%, le cours est échoué.