Premier rencontre: mercredi 1 septembre, Z-315. Aucun cours lundi le 6 septembre (congé universitaire).
Plan de cours
Professeur:
Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
Courriel: 
Contenu
Le thème du cours IFT6299 (Sujets en bio-informatique
)
dans ce trimestre est
l'algorithmique de l'ADN.
Dans le cadre de ce cours on se familiarisera avec les technologies,
et les algorithmes qui sont utilisés dans le
séquençage, la comparaison et l'analyse
de génomes, ainsi qu'avec
l'implantation d'algorithmes à l'aide de l'ADN.
Horaire
| Jour | Heure | Local |
|---|---|---|
| lundi | 10:30-12:30 | Z 315 |
| mercredi | 10:30-12:30 | Z 315 |
Préalables
Il n'y aucun prérequis formel. Cependant, le cours se reliera sur familiarité avec des structures discrètes et des algorithmes (graphes, arbres, etc.), et sur des connaissances de base de probabilités (distributions, variables aléatoires, processus stochastiques). Aucune connaissance particulière en biologie n'est requise.
Une liste provisoire de sujets abordés :
- Outils de biotechnologie : séquençage shotgun, PCR, clonage, etc.
- Calcul moléculaire (Adleman, Stojanovic et Stefanovic, Benenson et al.)
- Assemblage de séquences à partir des morceaux shotgun : approche hiérarchique, génome complet (whole-genome), et hybride. Algorithmes de overlap-layout-consensus et de chemins Eulériens. (TIGR assembler, algorithme de Myers, Phusion, Arachne, CAP3, Idury-Waterman, Euler)
- Alternatives au shotgun : séquençage par hybridation, pyro-séquençage, et d'autres techniques émergeantes; problèmes algorithmiques associés. (Frieze et al., Pe'er & Shamir)
- Comparaison de grands ensembles de séquences : techniques de hachage, aspects pratiques. (BLAST, PatternHunter, filtres non-contigus)
- Alignement avancé : alignement statistique et alignement de génomes. (Thorne-Kishino-Felsenstein, LAGAN)
Évaluation
L'évaluation de sa perfomance sera basée sur des devoirs écrits (deux ou trois), un projet, et une présentation. Les devoirs seront de nature théorique (algorithmique, probabilités ou combinatoire). Le projet principal se constituera de l'étude d'un problème intéressant en séquençage, comparaison ou analyse de séquences, ou un autre sujet choisi après consultation. Le projet inclura l'étude de la littérature, l'identification et l'analyse d'un problème, et probablement le développement d'un logiciel pour le résoudre. L'une des sessions finales du cours sera une conférence de présentation de projets. Le troisième composant de l'évaluation sera la présentation d'un sujet au cours (un ou deux articles d'importance particulière dans le domaine). Le sujet du projet et celui de la présentation seront choisis en consultation avec le professeur. Pondération: devoirs : 30%; projet : 40%; présentation : 30%.
Politique de travail en groupe
Le projet peut être fait en groupes de deux (ou trois selon la difficulté). Les devoirs et la préparation de la présentation doivent être des travaux individuels.
Bibliographie
Il n'y a pas de livre obligatoire: les notes de cours seront disponibles sur le site Web du cours. Cependant, il sera obligatoire de lire des articles choisis du domaine (un article par semaine en moyenne). Les livres suivants peuvent être consultés pour la présentation de quelques sujets.
- Alain Bernot: Analyse de Génomes, Transcriptomes, et Protéomes. Dunod 2001.
- Déscription de quelques méthodes de biotechnologie.
- Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences. Cambridge University Press 1997.
- Algorithmes pour comparaison de séquences, assemblage et cartographie
- Pavel Pevzner: Computational Molecular Biology (An Algorithmic Approach). MIT Press 2000.
- Algorithmes pour séquençage par hybridation et cartographie physique.
- Michael S. Waterman: Introduction to Computational Molecular Biology : Maps, Sequences, and Genomes. CRC Press 1995.
- Statistiques de cartographie et séquençage, algorithmes.
Site Web
http://www.iro.umontreal.ca/~csuros/IFT6299/