Plan de cours

Professeur: Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
Courriel: mon courriel

Contenu

Le thème du cours IFT6299 (Sujets en bioinformatique) dans ce trimestre est l'évolution de génomes. Le cours utilise une approche intégrative de biologie computationnelle, en examinant les méthodes algorithmiques ainsi que des questions biologiques en génomique évolutionnaire.

Horaire

Jour HeureLocal
jeudi10:30-12:30Z 345
vendredi10:30-12:30AA 3213

Préalables

Il n'y aucun prérequis formel. Cependant, le cours se reliera sur familiarité avec des structures discrètes et des algorithmes de base (graphes, arbres, etc.), et sur des connaissances de notions probabilités (distributions, variables aléatoires, processus stochastiques). Le matériel du cours ne se chevauche pas avec celui de IFT6291/BIN6000

Une liste provisoire de sujets abordés :

Bibliographie

Il n'y a pas de livre obligatoire: les notes de cours seront disponibles sur le site Web du cours. Cependant, il sera obligatoire de lire des articles choisis du domaine (un article par semaine en moyenne).

Évaluation

L'évaluation de sa perfomance sera basée sur deux devoirs écrits, quatre mini-questionnaires, un projet, et une présentation. Les devoirs seront de nature théorique (algorithmique, probabilités ou combinatoire). Le projet principal se constituera de l'étude d'un problème intéressant en séquençage, comparaison ou analyse de séquences, évolution génomique ou un autre sujet choisi après consultation. Le projet inclura l'étude de la littérature, l'identification et l'analyse d'un problème, et probablement le développement d'un logiciel pour le résoudre. L'une des sessions finales du cours sera une conférence de présentation de projets. Le troisième composant de l'évaluation sera la présentation d'un sujet au cours (un ou deux articles d'importance particulière dans le domaine). Le sujet du projet et celui de la présentation seront choisis en consultation avec le professeur. Les mini-questionnaires portent sur les lectures obligatoires. Pondération: devoirs : 30%; mini-questionnaires : 10%; projet : 30%; présentation : 30%.

Politique de travail en groupe

Le projet peut être fait en groupes de deux (ou trois selon la difficulté). Les devoirs et la préparation de la présentation doivent être des travaux individuels.

Site Web

http://www.iro.umontreal.ca/~csuros/IFT6299/