Plan de cours
Professeur:
Miklós Csürös
Bureau: AA 3253
Tél: 343-6111 poste 1655
Courriel:
Contenu
Le thème du cours IFT6299 (Sujets en bioinformatique
)
dans ce trimestre est l'évolution de génomes. Le cours
utilise une approche intégrative de biologie
computationnelle
, en examinant les méthodes algorithmiques
ainsi que des questions biologiques en génomique
évolutionnaire.
Horaire
Jour | Heure | Local |
---|---|---|
jeudi | 10:30-12:30 | Z 345 |
vendredi | 10:30-12:30 | AA 3213 |
Préalables
Il n'y aucun prérequis formel. Cependant, le cours se reliera sur familiarité avec des structures discrètes et des algorithmes de base (graphes, arbres, etc.), et sur des connaissances de notions probabilités (distributions, variables aléatoires, processus stochastiques). Le matériel du cours ne se chevauche pas avec celui de IFT6291/BIN6000
Une liste provisoire de sujets abordés :
- Survol de notions de base: composition d'un génome, homologie, dérive génétique et sélection naturelle
- Génomique évolutionnaire: répertoire de gènes, profiles phylétiques
- Annotation de génomes, fureteurs (genome browsers)
- Alignement de génomes
- Inférence probabiliste en génomique: processus de Markov, alignement statistique, PhyloHMM
- Génomique comparative: footprinting, phylogenetic shadowing
- Next-generation sequencing
- Réseaux biologiques: réseau PPI, métabolique, et de régulation
Bibliographie
Il n'y a pas de livre obligatoire: les notes de cours seront disponibles sur le site Web du cours. Cependant, il sera obligatoire de lire des articles choisis du domaine (un article par semaine en moyenne).
Évaluation
L'évaluation de sa perfomance sera basée sur deux devoirs écrits, quatre mini-questionnaires, un projet, et une présentation. Les devoirs seront de nature théorique (algorithmique, probabilités ou combinatoire). Le projet principal se constituera de l'étude d'un problème intéressant en séquençage, comparaison ou analyse de séquences, évolution génomique ou un autre sujet choisi après consultation. Le projet inclura l'étude de la littérature, l'identification et l'analyse d'un problème, et probablement le développement d'un logiciel pour le résoudre. L'une des sessions finales du cours sera une conférence de présentation de projets. Le troisième composant de l'évaluation sera la présentation d'un sujet au cours (un ou deux articles d'importance particulière dans le domaine). Le sujet du projet et celui de la présentation seront choisis en consultation avec le professeur. Les mini-questionnaires portent sur les lectures obligatoires. Pondération: devoirs : 30%; mini-questionnaires : 10%; projet : 30%; présentation : 30%.
Politique de travail en groupe
Le projet peut être fait en groupes de deux (ou trois selon la difficulté). Les devoirs et la préparation de la présentation doivent être des travaux individuels.
Site Web
http://www.iro.umontreal.ca/~csuros/IFT6299/