Page TP IFT3295

Démonstrateur : Emmanuel Noutahi
Email : fmr.noutahi@umontreal.ca
Local : AA-3174 (laboratoire du LBIT)
Disponibilités : Lundi et Jeudi de 13h30 à 16h30 (ou prendre rendez-vous par email)

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remise ift3295 tpX devoir.zip
,
où X désigne le numéro du TP.

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Page du cours IFT3295


Démo 1 [Lundi 18 Septembre]

La démo portera sur les séquences biologiques et la programmation dynamique. Étant donné qu'il n'y a pas encore assez de matière vue en classe, cette démo sera un peu spéciale. La démo est disponible ici ==> demo 1 et aborde les notions suivantes :
  1. Séquence biologique, code génétique, etc
  2. Distances entre séquences, Programmation dynamique pour l'alignement de deux séquences (distance d'édition)
  3. Base de données, clustalx
Vous trouverez les séquences protéiques de l'insuline chez quelques animaux ici : ==> insulin.fasta. Et ci-dessous un alignement de ces séquences en présence d'un arbre phylogénétique.

Voici une vidéo qui sur le séquençage qui illustre les progrès scientifiques sur le sujet en moins d'une décennie : https://www.youtube.com/watch?v=jFCD8Q6qSTM.


TP1 [Lundi 18 septembre]

L'énoncé du TP1 est disponible ici ==> TP1.pdf. Les fichiers supplémentaires (reads.fq, sequence.fasta, geneX.fasta) sont tous disponibles à ~dift3295/TP1.

Le TP est à faire en équipe de deux et vous avez deux semaines pour le finir. Je vous conseille de le commencer assez tôt pour avoir une idée des numéros difficiles afin de poser les questions à temps.


Aide TP1 [Jeudi 21 Septembre]

J'ai reçu quelques questions pour le TP1 et je voudrais donc préciser certains points

Démo 2 [Lundi 25 Septembre]

La démo portera sur les optimisation des algorithmes d'alignement de deux séquences. La démo est disponible ici ==> demo 2.

Question récurrence TP1 [Mardi 26 Septembre]

J'ai reçu quelques questions sur la matrice 20x20 demandée.

TP2 [Lundi 2 Octobre]

L'énoncé du TP2 est disponible ici ==> TP2.pdf. Les fichiers supplémentaires (sequences.fasta, BLOSUM62.txt) sont tous disponibles à ~dift3295/TP2.

Le TP est à faire en équipe de deux et vous avez deux semaines pour le finir. Je vous conseille de le commencer assez tôt (je ne serai pas toujours disponible pour répondre aux questions de dernières minutes la veille de la remise).


Démo 3 [Lundi 2 Octobre]

La démo 3 portera sur les structures secondaires d'ARNs, les automates/HMMs. Nous corrigerons aussi le TP1. L'énoncé de la démo est disponible ici ==> demo3.pdf.


TP2 update

Notez que la remise du TP1 a été reportée pour le 30 octobre. Vous avez donc pratiquement 1 mois pour le faire :).

Le lundi 9 octobre est férié. Il n'y aura donc pas de cours ou démo. Bonne fin de semaine


Démo 4 et Intra précédent [Mercredi 11 Octobre]

L'intra de l'année passée est mise à votre disposition ==> intra 2016. Nous le corrigerons le lundi prochain au cours de la démo 4.

L'énoncé de la démo 4 est également disponible ici ==> demo 4. Elle porte sur l'alignement multiple de séquence qui sera à l'examen. Notez que cette démo sera courte car plus de temps seront passé sur la révision pour l'examen.