LA UNE DE L'ÉChO | ÉDITORIAL | NOUVELLES | CARICATURE | LA RECHERCHE

DIPLÔMÉS | HYPERLIENS | COURRIER | ARCHIVES
 

 
Entrevue


 
 


 
 
 

Sébastien Lemieux est étudiant au doctorat au Diro et membre du Laboratoire de Biologie Informatique (LBIT). 

Entretien réalisé par Esma Aïmeur.


 
 

Esma Aïmeur :
Sébastien, qu'est ce qui t'a incité à faire de la recherche ?

Sébastien Lemieux :
Mon professeur de physique en secondaire V terminait une maîtrise en chimie analytique à l'UQAM et j'étais allé visiter le laboratoire où il travaillait. Ça a été le coup de foudre pour la recherche. À ce moment là, je n'avais aucune idée du domaine précis dans lequel je travaillerais plus tard. Ça aurait pu être la chimie, la physique, la biologie ou l'informatique. Je ne savais pas. 

Esma Aïmeur :
À quel moment as-tu découvert tes intérêts véritables ?

Sébastien Lemieux :
Lors de ma première année au CEGEP, j'ai su que je voulais faire de la recherche en biologie. Le domaine de la pharmacologie, du design des médicaments, les aspects génétiques et moléculaires m'intéressaient particulièrement. En 2e année de CEGEP, j'ai suivi un deuxième cours en biologie. On a commencé à étudier les micro-organismes et mes intérêts se sont précisés : je souhaitais me diriger en virologie. Je me suis alors renseigné pour savoir où, au Québec, poursuivre des études en virologie. Et il s'est avéré qu'il n'y avait qu'un seul programme en virologie ! C'était un programme de doctorat au département de microbiologie et immunologie de l'Université de Montréal. Je me suis renseigné sur les exigences de ce programme et on m'a dit que je devais d'abord compléter un baccalauréat et une maîtrise en microbiologie. Logiquement, je me suis inscrit à l'Université de Montréal en microbiologie. 

Esma Aïmeur :
Et la chimie organique, est-ce que cela te plaisait aussi ?

Sébastien Lemieux :
Oui, mais ce n'était pas mon champ d'intérêt principal. Je m'intéressais beaucoup plus aux virus (les vrais, pas Y2K). Je trouvais fascinant l'étude de ces micro-organismes qui ont tant d'impact dans la vie de tous les jours. 

Esma Aïmeur :
Et les cours d'informatique ?

Sébastien Lemieux :
Je n'avais encore suivi aucun cours d'informatique. Je reviendrai plus tard sur l'informatique. 

Esma Aïmeur :
En quelle année t'es-tu inscrit en microbiologie ?

Sébastien Lemieux :
En 1993. 

Esma Aïmeur :
Et que s'est-il passé ensuite pour que tu sois aujourd'hui en informatique ?

Sébastien Lemieux :
J'ai commencé la première année du bacc en microbio. Il s'agit d'un tronc commun avec toutes les orientations du programme de sciences biologiques, ce qui veut dire écologie, botanique, etc. Mon intérêt a beaucoup diminué pour ce domaine. J'ai trouvé cette première année assez difficile. Les sciences expérimentales toutes seules, j'aimais moins. J'avais un ami qui était entré en informatique à l'Université de Sherbrooke. Il me parlait de ses cours, de ce qu'il faisait. Et moi, qui est un grand amateur d'informatique depuis longtemps, je me disais : Mais qu'est-ce que je fais ici ? Qu'est-ce que je fais en bio? J'ai fini par comprendre ce qui m'intéressait vraiment : faire de l'informatique, mais réfléchir sur la biologie. Donc, au cours de ma 2e année de microbiologie, je me suis dit : pourquoi ne pas faire les deux ? Une idée farfelue, mais bon... Je me suis donc inscrit au mineur en informatique au DIRO tout en demeurant au bacc en microbio. Je me suis mis à mélanger des cours d'informatique et des cours de microbiologie : Programmation I et II, Mathématiques Discrètes… Je me sentais tout à fait à l'aise de passer du cours de physiologie bactérienne au cours de structure des ordinateurs. D'une certaine manière, les deux sciences me semblaient complémentaires… Enfin, au moins au niveau de mes intérêts ! 

Esma Aïmeur :
Tu as dit tout-à-l'heure que tu avais toujours été un amateur d'informatique. Quand as-tu commencé à t'intéresser à l'informatique ?

Sébastien Lemieux :
J'ai commencé à faire de l'informatique à l'âge de 9 ans. J'ai acheté mon premier ordinateur à ce moment là. Grande déception, je croyais acheter un jeu vidéo ! Ce n'était tout à fait pas le cas. L'ordinateur en question était un Timex Sinclair 1000. C'était un petit ordinateur que l'on branchait sur une télé, aucune manette, pas de son ni de couleur, seulement un interpréteur Basic, aucun jeu. Je l'avais acheté avec toutes mes économies, il m'avait coûté un gros 60$ chez Zellers ! Question de rentabiliser mon investissement, j'ai dû apprendre à programmer en Basic. Le manuel était en anglais, mon père m'en a traduit des petits bouts. J'ai fini par passer au travers et faire quelques programmes intéressants et devenir accro. Depuis, cette époque-là on a toujours eu un ordinateur à la maison. J'ai toujours programmé plutôt qu'utiliser des logiciels tout faits. Programmer un peu n'importe quoi était devenu un passe-temps ! 

Esma Aïmeur :
Comment as-tu connu le laboratoire de bioinformatique ou tu étudies présentement ?

Sébastien Lemieux :
Quand je suis entré en bio, c'était devenu naturel pour moi, face à un problème de biologie, d'imaginer une simulation informatique pour voir comment résoudre le problème ou simplement pour expérimenter sur un modèle. Au cours de ma deuxième année de microbio, les cours commençaient à être plus corsés et en même temps j'apprenais des "trucs" plus formels en informatique, car ce que je faisais avant était plutôt broche à foin… Avec un peu plus de formalisme, ça devenait intéressant et ça me permettait d'envisager de nouvelles approches. Dans l'été entre ma 2e et ma 3e année, j'avais un travail d'été qui m'occupait le week-end et j'avais donc de grandes semaines vides (mes amis de l'époque travaillant à l'extérieur de la ville pour l'été). Je ne savais pas trop quoi faire alors j'ai décidé de travailler à faire de la bioinformatique, à la maison. J'avais plein de petits problèmes que j'avais vus dans mes cours de microbio et je me suis dit que ça serait amusant de travailler là-dessus. Par contre, je me rendais compte que ça serait bien mieux si j'avais quelqu'un pour me guider un peu, au moins pour m'indiquer ce qui est intéressant et ce qui a déjà été fait. J'ai vu, dans le corridor du deuxième étage, la page de garde d'un article sur la conformation des acides nucléiques, écrit par Marcel Turcotte, Guy Lapalme et François Major. Je me suis dit que l'un d'entre eux pourrait sûrement m'aider. Je n'ai pu rejoindre M. Lapalme, ni M. Turcotte (étudiant au doctorat avec M. Lapalme, il y a 3 ans). Par contre, la porte du bureau de François Major était toujours ouverte et juste à côté du babillard ! Je suis donc allé le voir en lui disant que je faisais de la bioinformatique à la maison, pour m'occuper, et que j'avais quelques petits projets. Je lui ai demandé s'il pouvait me suggérer des lectures. Et si je pouvais lui montrer ce que je faisais de temps à autre, pour obtenir son point de vue ! À ce moment là, le laboratoire de biologie informatique et théorique (LBIT) en était à ses débuts et François Major était justement intéressé à engager quelques étudiants d'été. Il m'a donc proposé de faire au labo ce que je me proposais de faire dans mon salon, avec une bourse et des collègues en prime ! 

Esma Aïmeur :
Et après cet été ?

Sébastien Lemieux :
Je venais de terminer la 2e année de microbiologie et ma première année en informatique. Je m'alignais donc pour un bacc et un mineur en informatique en 4 ans. Après avoir travaillé tout l'été avec François, j'ai su que c'était cela que je voulais faire. J'ai continué de travailler pour François pendant mes sessions et les étés subséquents. J'ai terminé mon bacc en microbiologie ainsi que les cours préalables à la maîtrise en informatique. Je suis entré en janvier 1998 à la maîtrise en informatique. J'ai terminé mes cours en décembre et je compte remettre mon mémoire vers la fin de décembre. J'ai la chance de pouvoir remettre un mémoire par articles, ce qui facilite grandement la tâche de rédaction et devrait me permettre de me consacrer plus rapidement à mes projets de doctorat. 

Esma Aïmeur :
Un mémoire par articles après un an ?

Sébastien Lemieux :
Dans les faits, ça fait 3 ans que je travaille à temps plein (autant que les cours peuvent le permettre !) au labo, alors j'ai eu le temps de travailler sur plusieurs projets dont la plupart on été publiés récemment. De plus, j'avais certaines bases en informatique avant d'arriver au labo et par mes deux premières années de bacc en microbio, les aspects biochimiques des projets ne posaient pas trop de problèmes. 

Esma Aïmeur :
Il y a d'autres étudiants dans le laboratoire en ce moment ?

Sébastien Lemieux :
Présentement, il y a Patrick Gendron qui est à la maîtrise en info (après un bacc en physique), Daniel St-Arnaud à la maîtrise aussi (après un bacc en math-info), Dominic Lambert qui hésite encore entre la maîtrise en info ou celle en biochimie, Nancy Turcotte qui fait un doctorat en biochimie (après une maîtrise en microbiologie à l'Université Laval) en co-direction avec le Dr Gingras du département de biochimie et François Major. Il y a aussi : Isabelle Barrette, Guylaine Poisson, Assia Atmane, et sans doute quelques autres que j'oublie… 

Esma Aïmeur :
Quelles sont tes sources de revenu pendant tes études ?

Sébastien Lemieux :
Mes moyennes n'étant pas à tout casser en sortant de mon bacc (3.3/4.3), il était impossible pour moi d'obtenir une bourse pour faire ma maîtrise. Au cours de l'été 98, j'ai obtenu une bourse d'été du CERCA ( Centre de Recherche en Calcul Appliqué), mais la bourse que j'obtiens du laboratoire est la seule source constante de revenu que je pouvais envisager pour la maîtrise. Mes notes étant pas mal meilleures en informatique (moins de par cœur !), mes chances sont meilleures d'obtenir une bourse au doctorat, soit celle du CRM (Conseil de Recherche Médicale), celle du CRSNG ou du FCAR… 

Esma Aïmeur :
Et quels sont tes projets pour le doctorat ?

Sébastien Lemieux :
Le projet est une collaboration avec une compagnie pharmaceutique américaine qui s'occupe de développer des agents antimicrobiaux. Il y a plusieurs régions sur les ribosomes des bactéries que l'on veut modéliser avec une bonne précision pour permettre le design rationnel de nouveaux médicaments. Pour l'instant, la modélisation d'une seule région nécessite environ un an de travail en utilisant la technologie développée au labo. La thèse va être : «Est-ce que l'on peut construire un système automatisé pour faire la modélisation» ? Ma maîtrise m'a permis de me familiariser avec l'ensemble du processus de modélisation et de développer certains outils pour cette tâche. Le projet de doctorat sera donc de formaliser l'ensemble des intuitions que j'ai acquises. Une telle approche permettra sans doute de mettre en évidence des concepts généraux de modélisation qui pourront être utilisés pour accélérer le travail ou améliorer la qualité des résultats. L'objectif de la collaboration que nous avons est la modélisation de 30 structures en 3 ans. 

Esma Aïmeur :
En terminant, quelle est ton opinion générale sur le DIRO ?

Sébastien Lemieux :
Je trouve ça fantastique qu'un département croit dans des laboratoires comme le laboratoire de bioinformatique ! Sinon, je n'aurais sans doute jamais fais d'informatique sérieusement. Je crois que l'idée de laboratoires multidisciplinaires est vraiment une voie à encourager en informatique.